Eine Antwort auf die Frage habe ich zwar leider nicht, aber wie wäre es mit einer Unterkunft in Münchens Süden?

Wir sind am frühen Nachmittag vom Bahnhof / Marienplatz gestartet und haben die ersten 10km der ersten Etappe gewandert.
Etwas am Rand übernachtet es sich deutlich günstiger und der erste Wandertag ist auch nicht gar so lang (bis Wolfratshausen).

Günstige Unterkunft Nähe Marienplatz ist ein bisschen wie Quadratur des Kreises, München an sich ist ja insgesamt eher hochpreisig.
Eine der günstigsten Unterkünfte wird wohl Easy Palace sein:
http://www.easypalace.de/

Die Filiale, die mir einfällt liegt zwei U-Bahnstationen vom Marienplatz entfernt am Goetheplatz (U-Bahn, Mozartstraße 4). Halbe Stunde Fußmarsch oder U-Bahn-Ticket für 2,50. "VOR" dem Marienplatz ist öffentlich ja noch erlaubt ... würde ich sagen.

Nach Ankunft in München gleich eine gute Stunde bis zur Jugendherberge laufen und dann da übernachten (liegt auf dem Weg Richtung Wolfratshausen).